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          揭示植物光敏色素與 PIFs 互作新機制:phyOPM-APA 保守互作的關(guān)鍵作用


          ? 在神奇的植物世界里,光對植物生長發(fā)育起著至關(guān)重要的作用。植物光敏色素(phy)作為感受紅光和遠紅光的 “小雷達”,在光信號轉(zhuǎn)導過程中扮演著關(guān)鍵角色。phy 主要分為 phyA 和 phyB 等類型,它們能與 PHYTOCHROME-INTERACTING FACTORs(PIFs)相互作用,進而調(diào)控植物的光響應。然而,此前關(guān)于 phyA、phyB 與 PIFs 之間具體的互作機制,科學界仍存在諸多謎團。比如,雖然已知 phyB 可通過 active phyB-binding(APB)基序與 PIFs 結(jié)合,但 phyA 是否通過 active phyA-binding(APA)基序與 PIFs 結(jié)合并不明確,而且它們結(jié)合的具體結(jié)構(gòu)域和調(diào)控機制也有待探索 。這些問題如同迷霧,阻礙著人們深入了解植物光信號轉(zhuǎn)導的奧秘,也限制了相關(guān)農(nóng)業(yè)應用的發(fā)展。因此,開展對 phy 與 PIFs 互作機制的研究迫在眉睫。

          韓國科學技術(shù)院(KAIST)的研究人員勇挑重擔,踏上了解開這一謎團的征程。他們通過一系列嚴謹且富有創(chuàng)新性的實驗,取得了令人矚目的成果。研究發(fā)現(xiàn),phyA 和 phyB 均通過 phy 的 C 末端輸出模塊(phyOPM)與 APA 相互作用,而 phyB 還能通過 N 末端光感受模塊(phyPSM)與 APB 相互作用。不僅如此,苔蘚植物地錢(Marchantia)的 Mp-phy 也通過 phyOPM-APA 互作與 PIFs 結(jié)合 。這表明 phyOPM-APA 互作是一種古老且保守的特征,存在于擬南芥(Arabidopsis thaliana)的 phyA、phyB 以及地錢的 Mp-phy 中。此外,研究還揭示了 phyOPM-APA 互作促進 PIF3 降解,但不會導致 phyB 自身的破壞;而 phyPSM-APB 互作則會引發(fā) phyB 和 PIF3 的相互破壞。同時,研究人員還闡明了全長 phy 與 APA 的光依賴性互作,源于 phyPSM對 phyOPM的光依賴性掩蔽和去掩蔽機制。這些發(fā)現(xiàn)為深入理解植物光信號轉(zhuǎn)導通路提供了關(guān)鍵線索,有助于人們更好地調(diào)控植物生長發(fā)育,在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和植物生物技術(shù)領域具有重要的潛在應用價值。該研究成果發(fā)表在《Nature Communications》上,為該領域的研究開辟了新的方向。


          研究人員為開展此項研究,運用了多種關(guān)鍵技術(shù)方法。首先是酵母雙雜交(Y2H)實驗,通過構(gòu)建能產(chǎn)生藻藍膽素(PCB)的酵母菌株 AH109C,檢測 phy 與 PIFs 及其他互作蛋白的光依賴性互作。其次是體外結(jié)合實驗,利用重組蛋白,分析 phy 不同結(jié)構(gòu)域與 PIFs 的結(jié)合特性。此外,免疫印跡實驗用于檢測蛋白降解情況,半體內(nèi)結(jié)合實驗進一步驗證了體內(nèi)的蛋白互作關(guān)系。

          研究結(jié)果

          Y2H 實驗捕獲光依賴性互作:研究人員構(gòu)建的 AH109C 酵母菌株能有效產(chǎn)生 PCB,支持有活性的 phy 形成。利用該菌株進行 Y2H 實驗,成功捕獲了 phyBPSM與 PIF3 以及全長 phyB 與其他互作蛋白(如 SPA1、SPA2、ELF3 和 TZP)的光依賴性互作,證明該菌株可用于檢測 phy 與互作蛋白的光依賴性互作。

          1. phyA 與 APA 基序的互作:通過 Y2H 實驗和體外結(jié)合實驗發(fā)現(xiàn),phyA 通過 phyAOPM-APA 互作與 PIF1 和 PIF3 結(jié)合,且這種互作具有光依賴性。phyAPSM無論在何種光照條件下,均不與 PIF3 或其突變體結(jié)合,而 phyAOPM能與 PIF3 及 PIF3mAPB結(jié)合,但不與 PIF3mAPA或 PIF3mAPA/mAPB結(jié)合 。
          2. phyB 與 APA、APB 基序的互作:Y2H 實驗、體外結(jié)合實驗和半體內(nèi)結(jié)合實驗表明,phyB 通過 phyBPSM-APB 和 phyBOPM-APA 兩種互作方式與 PIF1 和 PIF3 結(jié)合。phyBPSM與 PIF3 及 PIF3mAPA在紅光下結(jié)合,通過 APB 互作;phyBOPM與 PIF3 及 PIF3mAPB結(jié)合,通過 APA 互作。
          3. phyBOPM-APA 互作的功能:免疫印跡實驗顯示,phyBOPM-APA 互作可促進 PIF3 降解,但不會誘導 phyB 破壞;而 phyBPSM-APB 互作會導致 phyB 和 PIF3 相互破壞。在 phyA 突變背景下,紅光可促進 PIF3、PIF3mAPA和 PIF3mAPB降解,但不促進 PIF3mAPA/mAPB降解;在 35S:PHYB-GFP/phyb-9 背景下,當 APB 突變時,phyB 降解被抑制,但 PIF3 降解仍可發(fā)生。
          4. Mp-phy 與 APA 基序的互作:Y2H 實驗表明,地錢的 Mp-phy 與 Mp-PIF 以及擬南芥的 PIFs 通過 Mp-phyOPM-APA 互作結(jié)合。Mp-phyPSM不與 Mp-PIF、PIF1 或 PIF3 結(jié)合,而 Mp-phyOPM能與具有完整 APA 基序的 PIFs 結(jié)合。同時,擬南芥的 phyA 和 phyB 也可通過 phyOPM-APA 互作與 Mp-PIF 結(jié)合,說明該互作在進化上是保守的。
          5. phyPSM與 APA 的競爭結(jié)合:Y2H 實驗和體外結(jié)合實驗證明,phyPSM的 Pr 形式與 APA 競爭結(jié)合 phyOPM。在黑暗中,phyPSM與 phyOPM結(jié)合,阻止 APA 與 phyOPM結(jié)合;在紅光下,phyPSM從 phyOPM解離,使 APA 能夠結(jié)合 phyOPM,從而解釋了全長 phy 與 APA 的光依賴性互作源于 phyOPM-APA 的光獨立互作。

          研究結(jié)論與討論


          本研究揭示了植物光敏色素與 PIFs 互作的新機制,證實了 phyOPM-APA 互作是一種古老且保守的特征,存在于不同植物的光敏色素中。phyPSM-APB 互作則是 phyB 特有的,且兩種互作在 PIF3 和 phyB 的降解過程中具有不同作用。此外,研究還闡釋了光依賴性 phy-PIF 互作的產(chǎn)生機制,為理解植物光信號轉(zhuǎn)導提供了重要依據(jù)。這不僅有助于人們深入了解植物如何感知和響應光信號,還為未來通過調(diào)控光信號通路改善植物生長發(fā)育、提高作物產(chǎn)量和品質(zhì)提供了理論基礎,對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和植物生物技術(shù)的發(fā)展具有深遠意義。后續(xù)研究可進一步探索相關(guān)蛋白識別不同互作復合物的具體機制,以及光依賴性掩蔽和去掩蔽機制在其他植物蛋白互作中的作用,為該領域的發(fā)展開拓更廣闊的空間。(子科生物報道)

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