深圳子科生物報(bào)道：菠蘿是重要的熱帶水果和觀賞植物，起源于南美洲，目前全球有88個(gè)國(guó)家和地區(qū)種植，海峽兩岸地區(qū)是我國(guó)菠蘿的主產(chǎn)區(qū)，我國(guó)菠蘿年產(chǎn)值約占全球總產(chǎn)值的六分之一。菠蘿由于受自交不親和的影響，主要通過無性繁殖。對(duì)于無性繁殖的馴化，有假說認(rèn)為是“一步到位”過程，即被馴化的作物與它的野生祖先之間只相隔一代，或少數(shù)幾代，一旦一個(gè)品種被選定，選擇的過程也就完成了。有性生殖對(duì)于菠蘿的馴化過程是否有影響，也不清楚。

福建農(nóng)林大學(xué)海峽聯(lián)合研究院基因組與生物技術(shù)研究中心明瑞光教授團(tuán)隊(duì)發(fā)表了題為“The bracteatus pineapple genome and domestication of clonally propagated crops”的文章，在高質(zhì)量菠蘿基因組與菠蘿馴化機(jī)制研究方面取得突破性進(jìn)展。

這一研究發(fā)現(xiàn)公布在Nature Genetics雜志封面上，文章通訊作者為明瑞光教授，第一作者為陳立余副教授。

該研究在解析無性繁殖作物馴化機(jī)制方面取得了突破性進(jìn)展。研究人員通過對(duì)89種栽培菠蘿和野生種進(jìn)行重測(cè)序，并開展群體遺傳學(xué)基因結(jié)構(gòu)分析、有絲分裂選擇信號(hào)分析、減數(shù)分裂選擇清除區(qū)域分析和同義、非同義位點(diǎn)頻率普分析，證明菠蘿馴化過程是有性生殖和“一步到位”共同起作用的。這是首次用大規(guī)模基因組序列數(shù)據(jù)來驗(yàn)證“一步到位”假說。該發(fā)現(xiàn)在概念上是全新的，并為如何研究有性和無性生殖過程對(duì)于無性繁殖作物家馴化的作用提供范例，為應(yīng)用基因組選擇快速馴化無性繁殖作物提供了理論依據(jù)。

此外，在該項(xiàng)研究中，研究人員還通過PacBio長(zhǎng)片段測(cè)序和Hi-C輔助物理作圖的方法，將觀賞菠蘿bracteatus CB5的基因組組裝到染色體水平。這一高質(zhì)量的基因組校正了已發(fā)表的水果菠蘿F153基因組組裝中的兩處錯(cuò)誤。

該項(xiàng)研究通過比較基因組學(xué)的手段，解析了菠蘿中纖維素合成、花青素積累、高蛋白水解酶含量，糖分轉(zhuǎn)運(yùn)和自交不親和機(jī)制產(chǎn)生的遺傳學(xué)基礎(chǔ)。

原文標(biāo)題：

The bracteatus pineapple genome and domestication of clonally propagated crops

https://www.nature.com/articles/s41588-019-0506-8