深圳子科生物報道：大規(guī)模人群的全基因組測序研究有助于理解人類演化和遷徙的歷史，以及發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的遺傳變異。人類的遺傳變異絕大部分為罕見變異，只出現(xiàn)在特定人群中。例如，國際千人基因組項目發(fā)現(xiàn)的8千多萬個單核苷酸多態(tài)性（SNP）位點中，大約90%的最小等位基因頻率（MAF）小于0.05，且86%僅出現(xiàn)在單一大陸人群中。然而，現(xiàn)有人類基因組學研究以及公共數(shù)據(jù)庫的樣本絕大部分來自歐美人群，所取得的研究成果并不完全適用于非歐美人群，嚴重限制了精準醫(yī)學的實施和推廣。

華中科技大學同濟醫(yī)學院，新加坡基因組研究所的研究人員發(fā)表了題為“Large-Scale Whole-Genome Sequencing of Three Diverse Asian Populations in Singapore”的文章，報道了對2780個新加坡華人，903個馬來人，1127個印度人的全基因組測序數(shù)據(jù)的群體遺傳學研究成果。

這一研究成果公布在10月17日的Cell雜志上，文章通訊作者為新加坡基因組研究所劉建軍教授，第一作者為華中科技大學同濟醫(yī)學院王超龍教授，巫德剛，竇錦壯和柴曉冉，這項研究由同濟醫(yī)學院，新加坡基因組研究所與新加坡萬人基因組聯(lián)盟（SG10K Consortium）合作完成。

亞洲人口占世界總?cè)丝诘?0%，具有豐富的遺傳多樣性。新加坡由于其獨特的近代移民史，形成了主要包括華人、馬來人和印度人的人口組成，是亞洲人群遺傳多樣性的一個絕佳縮影，因此對新加坡三大族群開展全基因組測序研究將推進我們對亞洲人群特有的基因變異的了解，對精準醫(yī)學在亞洲的發(fā)展具有重要意義。

這項研究通過對4810個新加坡人的13.7X全基因組測序，發(fā)現(xiàn)了89160286個SNPs和9113420個插入缺失變異（INDELs），其中一半以上為尚未在國際遺傳數(shù)據(jù)庫dbSNP記錄的新發(fā)現(xiàn)變異，而且有126個被生物信息學軟件預(yù)測為有害的變異從未在公共數(shù)據(jù)庫中報道卻在新加坡人群中達到了MAF>1%，從側(cè)面反映了現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫中亞洲人群數(shù)據(jù)的嚴重匱乏，將影響對亞洲人進行疾病基因診斷的準確性。

基于上述數(shù)據(jù)，作者進行了深入的群體遺傳學分析，證實了新加坡三大族群涵蓋了廣泛的亞洲人群遺傳多樣性，且每個族群內(nèi)部還有更精細的群體遺傳結(jié)構(gòu)，并系統(tǒng)地刻畫了三大亞洲族群的人口學特征和演化歷史。另外，作者發(fā)現(xiàn)了20個可能受到自然選擇的基因位點，包括13個新發(fā)現(xiàn)的候選位點，其中富集了此前被全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）報道的與人類復(fù)雜疾病和性狀顯著相關(guān)的信號，揭示自然選擇對人類表型多樣性的形成具有重大影響。最后，得益于新加坡人群豐富的遺傳多樣性，作者通過評估實驗發(fā)現(xiàn)結(jié)合國際千人基因組和SG10K的測序數(shù)據(jù)可以顯著地提高絕大部分亞洲人群和大亞洲人群的基因型填補精度，尤其是對于罕見變異的填補，將有助于增強相關(guān)人群的疾病關(guān)聯(lián)研究的統(tǒng)計效能，加速發(fā)現(xiàn)致病基因和藥物靶點。

這項研究所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)和結(jié)果有望成為推進亞洲人群遺傳疾病研究和精準醫(yī)學發(fā)展的一項重要資源。

原文標題：

Large-Scale Whole-Genome Sequencing of Three Diverse Asian Populations in Singapore